Voyons les organismes les plus actifs. Ils peuvent être classés en deux catégories:

• Les micro-organismes:

1. Les bactéries
2. Les champignons
3. Les actinomycètes

• Les macro-organismes

Les micro-organismes

1. Les bactéries

   (Taille: quelques microns.)

   De tailles et de formes variables (souvent filamenteuses). Elles sont toujours présentes dans la masse des déchets organiques dès le début du processus. Elles restent actives durant tout le compostage et en particulier à haute température. Elles se multiplient très rapidement. Cette multiplication rapide et en grand nombre d'espèces différentes permet l'utilisation de résidus organiques "tout venant".

2. Les champignons

   (Taille: quelques microns à quelques millimètres.)

   Ils agissent surtout sur les matières qui résistent aux bactéries. Ils ont donc un rôle capital. Les champignons ne résistent pas à des températures supérieures à 50 °C; ce qui explique qu'on les retrouve plus particulièrement en périphérie du compost. On peut voir apparaître à la surface du compost des champignons macroscopiques, mais ceux-ci ne sont que la manifestation externe du mycélium microscopique se trouvant à l'intérieur du compost.
   Les champignons sont également les seuls à encore pouvoir travailler dans un compost plus sec, là ou les autres ont abandonné la partie

3. Les actinomycètes

(Taille: quelques microns.)

Ce sont des sortes de bactéries filamenteuses, ils agissent plus tardivement que ces bactéries et les champignons et se multiplient moins rapidement. Les actinomycètes sont actifs dans les derniers stades du compostage. Ils se sont spécialisés afin de s'attaquer aux structures plus résistantes comme la cellulose, l'hémicellulose et la lignine (constituants du bois notamment).

A côté de ces trois types de micro-organismes, on retrouve également dans le compost, des algues, des virus, des protozoaires,...

Les macro-organismes

Les macro-organismes sont très diversifiés dans le processus du compostage. Les lombrics du compost, par exemple, agissent au début du processus, sur des éléments peu décomposés (après la phase thermophile). Les grands lombrics quant à eux entraînent dans leurs terriers des fragments de feuilles ou même des feuilles entières. Ils intègrent ainsi un mélange de débris organiques et leurs excréments constituent un milieu idéal pour les activités microbiologiques du solqui conduisent à l'élaboration du compost mûr.
Beaucoup d'autres macro-organismes apparaissent, surtout dans la phase de maturation du compost.

Les principaux macro-organismes du compost sont les vers de compost ou de fumier (de plusieurs genres), les insectes, les acariens, les gastéropodes, les myriapodes, les cloportes, etc...